По просьбе рабочих железнодорожного транспорта 1 сентября 1921 г. был издан приказ начальника Казанской железной дороги об открытии в Бисерти начальной школы. В труднейший голодный 1921 год была построена деревянная школа. Низенькое здание казалось для тогдашних ребятишек самым лучшим дворцом, так как здесь им открывали глаза в мир знаний. А с каким восхищением смотрели взрослые на детишек, умеющих читать, писать и считать. В школе в первый год было всего два класса: первый и второй.

В 1940г. при школе был открыт интернат для учащихся с разъездов. В этом же 1940г. школа стала семилетней. Она располагалась в маленьком приземистом здании рядом с железнодорожным вокзалом. С 1936г. в школе работала Иванова Александра Ивановна, которая впоследствии была директором школы в 40-х гг.

Из воспоминаний учителя школы Костыревой Ирины Михайловны: «В школе я начала работать в августе 1944г. Шел последний военный год. Коллектив учителей был в основном молодой, много было эвакуированных. Условия работы были довольно трудными: в маленьких комнатках занималось по 40 и более человек. За партами часто сидело по три человека. Чернила делали из сажи или свеклы, чернильницы назывались непроливайками, их носили с собой. Чернила часто замерзали от наших уральских морозов. Очень трудно было с тетрадями. Учителя планы писали между книжных строчек, учителям младших классов приходилось разлиновывать тетради на 40 человек: и в клетку, и в линейку. Это была очень большая работа. Электричества не было. Класс освещала только одна электрическая лампа, а дома были коптилки. Коптилка- баночка с жиром, в которую опускался фитиль. Наглядных пособий было мало, но у учащихся бала большая тяга к знаниям. Несмотря на тесноту в коридоре, учащиеся вели себя организованно, много пели во время перемен. О тех годах остались добрые воспоминания. Директором тогда работала Квасницкая Роза Александровна (эвакуированная москвичка), а после ее отъезда директором был Зайцев Петр Иванович. После Победы, в1945г., многие из эвакуированных учителей уехали на родину. Из учителей в памяти остались Достовалова А.И., Бабушкина А.И., Ряпасова А.Д.. Математику и физику вел Моисей Григорьевич Лернер. Обо всем коллективе остались добрые, светлые воспоминания».

В 1956г. появилось постановление о перестройке семилетних школ в восьмилетние, а затем школа была реорганизована в среднюю школу. Богатела школа традициями, опытом.

В 1958г. было построено новое двухэтажное здание – железнодорожная школа № 32 на 480 мест. Школа размещалась в двух зданиях: в старом здании обучались учащиеся начальных классов и находились мастерские, а в новом здании – учащиеся средних и старших классов. В то время в школе работало свыше 30 учителей. Школа работала в две смены, в школьном интернате проживало свыше 50 человек. Первый выпуск учащихся с аттестатом о среднем образовании школа сделала в 1959г.

Директором школы № 32 была Луговских Агния Александровна. 

С 1955г. директором был Гущин Владимир Петрович.

С 1958г. директором средней школы был Мыльников Иван Степанович.  

960г. железнодорожная школа № 32 была переименована в школу № 89.

В 1972г. Бисертский леспромхоз построил новое типовое 3-х этажное здание школы на 640 мест со всеми необходимыми кабинетами: физики, химии, мастерскими, библиотекой, спортивным залом, актовым залом, столовой, пионерской комнатой. 1 сентября состоялось торжественное открытие Бисертской средней школы № 2. Директором новой школы была назначена Ляшук Валентина Ивановна, которая проработала в этой должности 3 года.

В 1975- 1976 уч. году директором школы была Герасимова Лидия Федоровна.

С 1976г. директором школы вновь был назначен Мыльников Иван Степанович.

С 1986 по 2011г директором школы работал Кунгуров Юрий Дмитриевич – «отличник народного образования».

С 01.04.2011г. школу возглавляет Хадиулина Галия Гаптульяновна – учитель высшей категории.

С 1972г. Бисертская средняя школа № 2 выпустила 60 медалистов: 22 - золотых и 38 – серебряных.